スティッチとユウナは、相変わらずイザヨイ島の生活を送っていた。何故かスティッチにだけイタズラを仕掛けるペット型エイリアン・ブーグーと、神戸から転校したオシャレ小学生のサエ、ユウナのズル賢い従*のズル子こと鶴子などといった新たな人物が登場し、イザヨイ島の生活はより楽しいものへと変わっていく。そして今日もスティッチは願いをかなえるためのイイコト集めや、世界征服を目論むハムスターヴィールたちとの戦いに奔走するのだった。